En aquellos años existía en Nueva York una congregación protestante denominada Iglesia Reformada Holandesa, dirigida por el doctor W. Brownlee, quien se destacó por su espíritu inquieto y agitador. En cierta ocasión invitó al Padre Varela a que viniese a defender la fe católica en el seno de su congregación. Considerándose obligado a aceptar aquella invitación, el sacerdote la acometió sin temor, a pesar de que sería en inglés. Un cronista de la época, el señor Shea, nos informa que “cuando el doctor Brownlee vio que el auditorio estaba admirado y completamente convencido por los argumentos del inteligente eclesiástico cubano, dirigió su esfuerzo a persuadir a los presentes de que lo que el Padre Varela había manifestado allí no era en realidad doctrina católica”.

El Padre Varela se refiere a este hecho en la 5ta. carta a Elpidio. El tema consistía en demostrar que la iglesia católica era la meretriz de la que habla San Juan en el Apocalipsis. Cuando el Padre Varela terminó su alocución, los presentes, unos seiscientos, irrumpieron en aplausos y gritos que se convertían en una mofa absurda contra el sacerdote. Varela, sin perder la calma, defendió su derecho según las reglas de la polémica, y reemprendió su discurso con tal sutileza en la utilización de los argumentos presentados, que si negaban lo que él decía se negaban a sí mismos y si lo aprobaban, apoyaban la postura que pretendían condenar.

Al verse derrotado, el doctor Brownlee pretendió colocar a Varela en una posición ajena a la Iglesia Católica, asegurando que era un liberal y que sería suspendido por el obispo. Todo concluyó con una declaración protestante que consideraba condenados a los católicos y pedía en oración que el Padre Varela dejara la Iglesia Católica y se hiciera protestante. En sus Cartas a Elpidio, donde narra todos estos hechos, el padre Varela concluye con un poco de ironía: “ya ves Elpidio, que quieren que me convierta, que conozca la verdad, que deje de ser católico, y ¿para qué? ¡Para que pueda salvarme! Después de estos hechos, ¿qué hay que decir?”